Zjistíme relativní složení mikrobiálních společenstev u širokého spektra vzorků bez nutnosti kultivace.

Při analýze mikroorganismů jsme díky technologiím NGS schopni eliminovat tradiční krok kultivace, čímž se zvyšuje pravděpodobnost identifikace těch organismů, které byly dříve považovány za nekultivovatelné. Metagenomika a její možnosti zaměřit se na všechny mikroorganismy žijící v určitém prostředí nám umožňují lépe pochopit ekologii, evoluci, rozmanitost a funkce mikrobiálního světa.

Počáteční cíl mnoha studií je často stejný: určit, které mikroby jsou přítomny, nebo (co bývá důležitější) které chybí. Jedním ze způsobů jak tyto informace získat je metagenomický přístup nazývaný "barcoding", který je založen na sekvenaci jednoho určitého genu napříč organismy ve vzorku. Například genu 16s rRNA, který kóduje malou podjednotku (SSU) ribozomu u prokaryot, jako jsou bakterie a archea. Nabízíme také sekvenování genů ITS a mcrA, díky kterým získate nejlepší přehled o houbách a metanogenních archea.

Krom amplikonového sekvenování typu "barcoding" nabízíme také shotgun přístup, který na rozdíl od sekvenování celých organismů a cílení na jednotlivé geny všech organismů, cílí na všechny geny VŠECH organismů nalezených v daném vzorku.

Osekvenujeme kompletní genovou informaci jednotlivých bakterií a sestavíme jejich genom a rezistom.

Jednou z klíčových výhod volby sekvenování celého genomu (WGS) oproti metodám cíleného sekvenování je, že WGS umožňuje výzkumníkům komplexní pohled na daný genom. Dnešní metody sekvenování WGS umožňují v rámci genomu odhalit jednobázové rozdíly. Sekvenování celého genomu tak nabízí jedinečný pohled a umožňuje klasifikaci bakterií, hub anebo archeí v rámci jednotlivých kmenů. 

Pro funkční analýzu aktivit jednotlivých bakterií nabízíme analýzu transkriptomu včetně bioinformatického vyhodnocení.

Některé sekvenační metody jsou sice schopny určit, které geny jsou v určitém organismu přítomny, ale často nestačí znát pouze identitu těchto genů, aniž bychom znali také úroveň jejich exprese. V tom spočívá hodnota sekvenování celého transkriptomu.

Hlavní rozdíl mezi strategiemi sekvenování DNA a sekvenováním RNA tedy spočívá v míře variability, kterou je každá metoda schopna odhalit. Metody sekvenování DNA (shotgun nebo barcoding) jsou zaměřeny na "přítomnost" nebo "absenci". Sekvenování transkriptomu však umožňuje výzkumníkům měřit úrovně exprese jednotlivých genů a jejich variant za různých podmínek.

Metody NGS jsou schopny generovat obrovské množství dat, které nemusí být úplně jednoduché vyhodnotit a vyvodit z nich relevantní závěry. Nabízíme proto i zpracování dat získaných různými sekvenačními technikami tak, aby výsledkům porozuměl i laik.

Mezi naše nabízené bioinformatické analýzy patří:

• profilování mikrobiálních společenstev
• taxonomické zařazení
• de novo sestavení genomu
• analýza genové exprese v rámci RNA-seq

Nabízíme konzultace ohledně metagenomických a transkriptomických analýz a technologií sekvenací nové generace. Pomůžeme s designem experimentu, praktickými dovednostmi anebo s vyhodnocením naměřených dat.