Přejít k obsahu | Přejít k hlavnímu menu | Přejít k vyhledávání

Proteomika

Studium molekulárních procesů vývoje solidních nádorů a metastazování na bázi proteomiky a dalších "high-throughput" technik, identifikace biomarkerů, molekulárních cílů a možností jejich terapeutické modulace pomocí metod buněčné a molekulární biologie.

doc. Mgr. Pavel Bouchal, Ph.D.

Vedoucí skupiny

Pavel Bouchal získal Ph.D. titul z biochemie na Masarykově univerzitě v Brně v roce 2005. Věnuje se proteomice, v letech 2004-2016 působil částečným úvazkem na Masarykově onkologickém ústavu v centru RECAMO. V zahraničí jej nejvíce ovlivnila stáž ve skupině Prof. Ruediho Aebersolda na ETH Zurich (2014-15). Na Masarykově univerzitě působí od r. 2001, od habilitace v r. 2017 se plně věnuje studiu nádorových procesů metodami systémové biologie.

ResearchGate | LinkedIn | GoogleScholar | researcherID

O doc. Bouchalovi

Kontaktní informace:

  • Kancelář – C05/208
  • Telefon – 549 49 3251
  • E-mail – bouchal@chemi.muni.cz

Mimouniverzitní aktivity

  • Člen redakčních rad časopisů PROTEOMICS a PROTEOMICS-Clinical Applications (WILEY, od 2019)
  • Člen výkonného výboru Proteomické sekce České společnosti pro biochemii a molekulární biologii (od 2019)
  • Člen finanční komise European Proteomics Association (od 2021)

Vzdělání

  • 2017 – docent Biochemie, PřF MU
  • 2005 – Ph.D., Biochemie, PřF MU, školitel prof. Igor Kučera
  • 1999 – Mgr., Biochemie, PřF MU, školitel prof. Zdeněk Glatz

Pracovní zkušenosti

  • Ústav biochemie PřF MU, docent, od 2017
  • Masarykův onkologický ústav, výzkumný pracovník, 2004–2016
  • Ústav biochemie PřF MU, odborný asistent, 2005–2016
  • Ústav biochemie PřF MU, odborný pracovník, 2001–2005
  • Ústav analytické chemie AV ČR, odborný pracovník, 1999–2000

Akademické stáže

  • University of British Columbia, Kanada, Leonard Foster 2016
  • ETH Zurich, Švýcarsko, Ruedi Aebersold, 2014, 2015
  • University of Southampton, Velká Británie, Spiros Garbis, 2013
  • Academy of Athens, Řecko, Spiros Garbis, 2011, 2007
  • Vrije Universiteit Amsterdam, Nizozemí, Rob van Spanning, 2006

Ocenění

  • 2020 – 3. místo v soutěži o Cenu Vladimíra Hanuše za nejlepší publikaci v oboru hmotnostní spektrometrie v ČR (Bouchal et al., Cell Rep 2019)
  • 2010 – Cena Arnolda Beckmana za nejlepší publikaci v oboru proteomiky v ČR (Bouchal et al., J Proteome Res 2009)

Ocenění doktorandů

  • 2019 – Cena Josefa Chmelíka za nejlepší publikaci v oboru proteomiky v ČR (Procházková et al., BBA-PaP 2017)
  • 2010, 2014, 2015 – stipendia Brno Ph.D. talent: Monika Dvořáková, Josef Maryáš, Michaela Galoczová

Oblast výzkumu

Proteiny – na rozdíl od genů a transkriptů – jsou skutečnými efektory buněčných procesů. Posláním proteomiky je mapování komplexní sítě proteinů v buňce, tkáni či biologické tekutině jak z hlediska hladin a jejich vývoje v čase a prostoru, tak i jejich funkce a vzájemných interakcí. Laboratoř proteomiky funguje na Ústavu biochemie od roku 2001. Zaměřuje se na projekty nádorového výzkumu, přičemž svůj výzkumný program postupně rozšířila také do oblasti molekulární a buněčné nádorové biologie. Proteiny, které pomocí proteomiky a dalších “high-throughput” přístupů identifikujeme jako významné v pronádorových a metastatických procesech, se snažíme funkčně charakterizovat, pochopit jejich funkci v konkrétním typu nádorových buněk a tuto terapeuticky ovlivnit.

Hlavní cíle

  • Analýza proteinů zapojených do molekulárních mechanismů metastazování solidních nádorů (nádory prsu, ledvin, endometria kolorekta a další) s cílem identifikovat nové terapeutické a diagnostické cíle
  • Funkční charakterizace vybraných prometastatických proteinů a jejich zapojení do signálních drah
  • Molekulární klasifikace nádorových tkání pomocí proteomiky nové generace – hmotnostní spektrometrie pracující v režimu datově nezávislého sběru dat ("data independent acquisition", DIA)
  • Integrace proteomických a dalších "high-throughput " přístupů (RNA-Seq, analýza mutací)
  • Analýza interaktomu ve vztahu k vývoji nádorů a metastazování
  • Vývoj a aplikace cílených proteomických metod pro rutinní kvantifikaci vybraných proteinů
Skupina Proteomiky

Členové skupiny

Mgr. Pavla Bouchalová, Ph.D. výzkumnice II
Mgr. Petr Lapčík, Ph.D. výzkumník II

Doktorandi: Jan Šimonik, Lucia Janáčová
Diplomanti: Aneta Anýžová, Veronika Mikulíková
Bakalářští studenti: Natálie Dvořáková, Klára Synková
Úspěšní absolventi PhD studia: Petr Lapčík, Jakub Faktor, Monika Dvořáková, Josef Maryáš, Iva Procházková

 

Tuzemské a mezinárodní spolupráce

Metodiky

  • Laboratoř tkáňových kultur – kultivace nádorových buněčných linií
  • Metody buněčné biologie – analýza migrace, invaze a proliferace nádorových buněk
  • Molekulárně biologické metody – klonování, CRISPR/Cas9, RNAi, TRex
  • Biochemické metody, imunochemie, kapalinová chromatografie (1D, 2D, 3D) proteinů a peptidů, elektroforéza (1D, 2D)
  • Proteomika na bázi kapalinové chromatografie a vysokorozlišovací hmotnostní spektrometrie především s datově nezávislým sběrem dat (Orbitrap Fusion Lumos (Thermo), timsTOF Pro (Bruker), Exploris 480 (Thermo) – spolupráce s CEITEC MU
  • Analýza fosforylace a glykosylace proteinů (Pharos FX Pro (Bio-Rad))
  • Analýza dat – výpočetní infrastruktura pro analýzu hmotnostně-spektrometrických a dalších “high-throughput” dat

Vybrané výzkumné projekty

Přehled všech aktuálních a dokončených projektů je na stránkách MUNI.

Úspěšne zakončené projekty:

Nedávné publikace

Seznam všech publikací naleznete na stránkách MUNI.

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.

Další info