Proteomika

Studium molekulárních procesů vývoje solidních nádorů a metastazování na bázi proteomiky a dalších "high-throughput" technik, identifikace biomarkerů, molekulárních cílů a možností jejich terapeutické modulace pomocí metod buněčné a molekulární biologie.

doc. Mgr. Pavel Bouchal, Ph.D.

Vedoucí skupiny

Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Duis id rutrum mi, eget efficitur mi. Nullam facilisis porta erat in accumsan. Suspendisse convallis finibus arcu, et euismod quam laoreet eget. Donec mollis dui tellus, ut hendrerit massa iaculis quis. Etiam accumsan lectus commodo, rhoncus dolor nec, pretium sapien.

ResearchGate | LinkedIn | GoogleScholar | researcherID

O doc. Bouchalovi

Kontaktní informace:

  • Kancelář – C05/208
  • Telefon – 549 49 3251
  • E-mail – bouchal@chemi.muni.cz

Mimouniverzitní aktivity

  • Člen redakčních rad časopisů PROTEOMICS a PROTEOMICS-Clinical Applications (WILEY, od 2019)
  • Člen výkonného výboru Proteomické sekce České společnosti pro biochemii a molekulární biologii (od 2019)
  • Člen finanční komise European Proteomics Association (od 2021)

Vzdělání

  • 2017 – docent Biochemie, PřF MU
  • 2005 – Ph.D., Biochemie, PřF MU, školitel prof. Igor Kučera
  • 1999 – Mgr., Biochemie, PřF MU, školitel prof. Zdeněk Glatz

Pracovní zkušenosti

  • Ústav biochemie PřF MU, docent, od 2017
  • Masarykův onkologický ústav, výzkumný pracovník, 2004–2016
  • Ústav biochemie PřF MU, odborný asistent, 2005–2016
  • Ústav biochemie PřF MU, odborný pracovník, 2001–2005
  • Ústav analytické chemie AV ČR, odborný pracovník, 1999–2000

Akademické stáže

  • University of British Columbia, Kanada, Leonard Foster 2016
  • ETH Zurich, Švýcarsko, Ruedi Aebersold, 2014, 2015
  • University of Southampton, Velká Británie, Spiros Garbis, 2013
  • Academy of Athens, Řecko, Spiros Garbis, 2011, 2007
  • Vrije Universiteit Amsterdam, Nizozemí, Rob van Spanning, 2006

Ocenění

  • 2020 – 3. místo v soutěži o Cenu Vladimíra Hanuše za nejlepší publikaci v oboru hmotnostní spektrometrie v ČR (Bouchal et al., Cell Rep 2019)
  • 2010 – Cena Arnolda Beckmana za nejlepší publikaci v oboru proteomiky v ČR (Bouchal et al., J Proteome Res 2009)

Ocenění doktorandů

  • 2019 – Cena Josefa Chmelíka za nejlepší publikaci v oboru proteomiky v ČR (Procházková et al., BBA-PaP 2017)
  • 2010, 2014, 2015 – stipendia Brno Ph.D. talent: Monika Dvořáková, Josef Maryáš, Michaela Galoczová

Oblast výzkumu

Proteiny – na rozdíl od genů a transkriptů – jsou skutečnými efektory buněčných procesů. Posláním proteomiky je mapování komplexní sítě proteinů v buňce, tkáni či biologické tekutině jak z hlediska hladin a jejich vývoje v čase a prostoru, tak i jejich funkce a vzájemných interakcí. Laboratoř proteomiky funguje na Ústavu biochemie od roku 2001. Zaměřuje se na projekty nádorového výzkumu, přičemž svůj výzkumný program postupně rozšířila také do oblasti molekulární a buněčné nádorové biologie. Proteiny, které pomocí proteomiky a dalších “high-throughput” přístupů identifikujeme jako významné v pronádorových a metastatických procesech, se snažíme funkčně charakterizovat, pochopit jejich funkci v konkrétním typu nádorových buněk a tuto terapeuticky ovlivnit.

Hlavní cíle

  • Analýza proteinů zapojených do molekulárních mechanismů metastazování solidních nádorů (nádory prsu, ledvin, endometria kolorekta a další) s cílem identifikovat nové terapeutické a diagnostické cíle
  • Funkční charakterizace vybraných prometastatických proteinů a jejich zapojení do signálních drah
  • Molekulární klasifikace nádorových tkání pomocí proteomiky nové generace – hmotnostní spektrometrie pracující v režimu datově nezávislého sběru dat ("data independent acquisition", DIA)
  • Integrace proteomických a dalších "high-throughput " přístupů (RNA-Seq, analýza mutací)
  • Analýza interaktomu ve vztahu k vývoji nádorů a metastazování
  • Vývoj a aplikace cílených proteomických metod pro rutinní kvantifikaci vybraných proteinů
Skupina Proteomiky

Členové skupiny

Mgr. Pavla Bouchalová, Ph.D. výzkumnice II
Mgr. Petr Lapčík, Ph.D. výzkumník II

Doktorandi: Šárka Hrachovinová, Jan Šimonik, Lucia Janáčová
Diplomanti: Aneta Anýžová, Veronika Mikulíková
Bakalářští studenti: Natálie Dvořáková, Klára Synková
Úspěšní absolventi PhD studia: Petr Lapčík, Jakub Faktor, Monika Dvořáková, Josef Maryáš, Iva Procházková

 

Tuzemské a mezinárodní spolupráce

Metodiky

  • Laboratoř tkáňových kultur – kultivace nádorových buněčných linií
  • Metody buněčné biologie – analýza migrace, invaze a proliferace nádorových buněk
  • Molekulárně biologické metody – klonování, CRISPR/Cas9, RNAi, TRex
  • Biochemické metody, imunochemie, kapalinová chromatografie (1D, 2D, 3D) proteinů a peptidů, elektroforéza (1D, 2D)
  • Proteomika na bázi kapalinové chromatografie a vysokorozlišovací hmotnostní spektrometrie především s datově nezávislým sběrem dat (Orbitrap Fusion Lumos (Thermo), timsTOF Pro (Bruker), Exploris 480 (Thermo) – spolupráce s CEITEC MU
  • Analýza fosforylace a glykosylace proteinů (Pharos FX Pro (Bio-Rad))
  • Analýza dat – výpočetní infrastruktura pro analýzu hmotnostně-spektrometrických a dalších “high-throughput” dat

Vybrané výzkumné projekty

Přehled všech aktuálních a dokončených projektů je na stránkách MUNI.

Úspěšne zakončené projekty:

Nedávné publikace

Seznam všech publikací naleznete na stránkách MUNI.

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.

Další info