V rámci studia interakcí rostlin s mikroorganismy se zabýváme objasněním mechanismů účastnících se rozpoznávání patogenů a spuštění imunitní reakce rostlin s cílem snížit používání pesticidů a hnojiv v globálním kontextu udržitelného zemědělství. V rámci současného výzkumu se systematicky soustřeďujeme na modelový systém interakce oomycet a bakterie Pseudomonas syringae s rostlinami tabáku, rajčete a arabidopsis. Rovněž integrujeme výsledky molekulární patofyziologie a biochemie, abychom blíže porozuměli molekulární podstatě fenoménu tzv. obranného primingu (nabuzení) jako nové strategie ochrany plodin před biotickými a abiotickými stresovými podmínkami.

V poslední době jsem se rovněž začali zabývat výzkumem mikrobioty z různých prostředí. Pomocí nejmodernějších přístupů a přístrojového vybavení zjišťujeme nejen to, jaké druhy bakterií se v daném prostředí nacházejí (metagenomika), ale zajímají nás také jejich funkční aktivita určená expresí genů (transkriptomika a metatranskriptomika) a následnou produkcí metabolitů (metabolomika). Kombinace těchto přístupů nám umožňuje lépe pochopit interakci mikrobioty s prostředím, která hraje klíčovou roli v celé řadě environmentálních a patologických procesů.