Molekulární patologie
Výzkum molekulární podstaty onemocnění a interakce mezi patogenem a hostitelem u rostlin. Hledání molekulární podstaty onemocnění u člověka, vliv změn na úrovni DNA na rozvoj a průběh daného onemocnění. Analýzy mikrobiomu ve vztahu k lidskému zdraví, zemědělství a industriálním procesům.
doc. Mgr. Jan Lochman, Ph.D.
Vedoucí skupiny
Doc. Lochman získal Ph.D. titul z biochemie na Masarykově univerzitě v Brně v roce 2006. V letech 2005 a 2006 strávil několik vědecky plodných měsíců v laboratořích INRAe ve Francii a od roku 2007 působí na Přírodovědecké fakultě. Nejprve jako odborný asistent, od roku 2017 potom jako docent a garant bakalářského programu Biochemie. Doc. Lochman studuje imunitní reakce rostlin a asociace SNP s chorobami jako je schizofrenie nebo Alzheimerova choroba.
O doc. Lochmanovi
Kontaktní informace:
- Kancelář – C05/331
- Telefon – 549 49 5602
- E-mail – lochik@mail.muni.cz
Education
- 2017 – docent, Biochemie, PřF MU, "Molecular Aspects of MAMP Triggered Immunity in Plants"
- 2006 – Ph.D., Biochemie, PřF MU, "Molecular-Biological Markers of Plant-Pathogen Interaction"
- 2002 – Mgr., Biochemie, PřF MU
Univerzitní aktivity
- Garant bakalářského programu Biochemie
- Předseda společné programové rady Biochemie
- Člen oborové rady Biochemie a Bioanalytické chemie
- Předseda Akademického senátu Přírodovědecké fakulty
- Člen Ekonomické komise AS PřF MU
Téma výzkumu
Naše primární výzkumné cíle se týkají objasnění molekulárních mechanismů interakcí rostlin s mikroorganismy a metod analýzy složení mikrobioty v rámci lidských a environmentálních vzorků.

V rámci studia interakcí rostlin s mikroorganismy se zabýváme objasněním mechanismů účastnících se rozpoznávání patogenů a spuštění imunitní reakce rostlin s cílem snížit používání pesticidů a hnojiv v globálním kontextu udržitelného zemědělství. V rámci současného výzkumu se systematicky soustřeďujeme na modelový systém interakce oomycet a bakterie Pseudomonas syringae s rostlinami tabáku, rajčete a arabidopsis. Rovněž integrujeme výsledky molekulární patofyziologie a biochemie, abychom blíže porozuměli molekulární podstatě fenoménu tzv. obranného primingu (nabuzení) jako nové strategie ochrany plodin před biotickými a abiotickými stresovými podmínkami.
V poslední době jsem se rovněž začali zabývat výzkumem mikrobioty z různých prostředí. Pomocí nejmodernějších přístupů a přístrojového vybavení zjišťujeme nejen to, jaké druhy bakterií se v daném prostředí nacházejí (metagenomika), ale zajímají nás také jejich funkční aktivita určená expresí genů (transkriptomika a metatranskriptomika) a následnou produkcí metabolitů (metabolomika). Kombinace těchto přístupů nám umožňuje lépe pochopit interakci mikrobioty s prostředím, která hraje klíčovou roli v celé řadě environmentálních a patologických procesů.
Projekty
- Studium mechanizmů účastnících se aktivace imunitní reakce rostlin
- Objasnění mechanizmu BABA-indukované rezistence u rostlin rajčete
- Vliv epigenetických změn na schopnost indukce rezistence u rostlin
- Vývoj metody pro analýzu mikrobioty a sledování její funkční aktivity

Členové skupiny
Martina Zapletalová, Ph.D. výzkumnice II – MUNI | orcID | RG
Doktorandi: David Novák, Veronika Žajdlíková, Adam Janotík, Laura Ambrozová
Diplomanti: Veronika Brychtová, Alexandra Farkačová,
Bakalářští studenti: Kateřina Dudková, Natália Ondrejková
Laborantka: Věra Kratochvílová
Absolventi: Michal Obořil, Tomáš Starý, Hana Uhlíková
Mezinárodní spolupráce
- INRA – Institut Sophia Agrobiotech
- INRA/University of Burgundy – UMR Agroécologie
- Wageningen University & Research – Department of Plant Sciences
- University of South Wales – Faculty of Computing, Engineering and Science

Metodiky
- Základní molekulárně-biologické techniky
- Příprava NGS knihoven (FragmentAnalyzer)
- Sekvenace a fragmentační analýza (NGS MiniSeq, GeneticAnalyzer 3100)
- qPCR analýza (LightCycler 480 II, Biometra qPCR system)
- Heterologní exprese proteinů (E. coli, Pichia pastoris)
- Měření rezistence rostlin (tabák, rajče, arabidopsis) vůči patogenům (H. parasitica, P. parasitica, P. syringae)
- Analýza proteomu a metabolomu (Agilent HPLC)
Nedávné publikace
Seznam všech publikací naleznete na stránkách MUNI.
-
Achalasia and acromegaly: co-incidence of these diseases or a new syndrome?
Biomedical Papers, rok: 2022, ročník: 166, vydání: 2, DOI
-
Anaerobic Fermentation of Silage from the Above-Ground Biomass of Jerusalem Artichoke (Helianthus tuberosus L.) and Maize (Zea mayse L.) As a New and Promising Input Raw Material for Biogas Production
Applied Sciences, rok: 2022, ročník: 12, vydání: 22, DOI
-
Effect of fixed orthodontic appliances on gingival status and oral microbiota: a pilot study
BMC Oral Health, rok: 2022, ročník: 22, vydání: 1, DOI
-
iPSCs in Neurodegenerative Disorders: A Unique Platform for Clinical Research and Personalized Medicine
Journal of Personalized Medicine, rok: 2022, ročník: 12, vydání: 9, DOI
-
L-Aspartate and L-Glutamine Inhibit Beta-Aminobutyric Acid-Induced Resistance in Tomatoes
Plants, rok: 2022, ročník: 11, vydání: 21, DOI